พันธกิจ
1. ตรวจสอบบัญชีและควบคุมคุณภาพการสอบบัญชีสหกรณ์ให้เป็นไปตามมาตรฐานที่กำหนด
2. พัฒนาการบริหารจัดการด้านการเงินการบัญชีแก่สหกรณ์ กลุ่มเกษตรกร และวิสาหกิจชุมชน
3. กำกับการสอบบัญชีสหกรณ์ที่ดำเนินการโดยผู้สอบบัญชีรับอนุญาตและบุคคลอื่น
4. พัฒนาเทคโนโลยีดิจิทัลและการเตือนภัยทางการเงินสหกรณ์
5. ถ่ายทอดความรู้ด้านการตรวจสอบกิจการและการจัดทำบัญชีแก่เกษตรกรและประชาชนทั่วไป

ภารกิจตามกฏหมาย

1. ดำเนินการตรวจสอบบัญชีสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกรตามกฎหมายว่าด้วยสหกรณ์และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
2. กำหนดระบบบัญชีและมาตรฐานการสอบบัญชีให้เหมาะสมกับธุรกิจของสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกร
3. ให้คำปรึกษาแนะนำและให้ความรู้ด้านการบริหารการเงินและการบัญชีแก่คณะกรรมการและสมาชิกของสหกรณ์ กลุ่มเกษตรกร และบุคลากรเครือข่าย
4. ถ่ายทอดความรู้และส่งเสริมการจัดทำบัญชีให้แก่สหกรณ์ กลุ่มเกษตรกร กลุ่มอาชีพ วิสาหกิจชุมชน กลุ่มเป้าหมายตามโครงการพระราชดำริ เกษตรกร และประชาชนทั่วไป
5. กำกับดูแลการสอบบัญชีสหกรณ์โดยผู้สอบบัญชีภาคเอกชน
6. จัดทำรายงานภาวะเศรษฐกิจของสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกร เพื่อเป็นพื้นฐานในการกำหนดนโยบายและวางแผนพัฒนาสหกรณ์และกลุ่มเกษตรกร
7. ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กฎหมายกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของกรมตรวจบัญชีสหกรณ์หรือตามที่กระทรวงหรือคณะรัฐมนตรีมอบหมาย

ภายใต้กฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการกรมตรวจบัญชีสหกรณ์ กระทรวงเกษตรและสหกรณ์ พ.ศ. 2552 (และที่แก้ไขเพิ่มเติม พ.ศ. 2557)
กลยุทธ์
กลยุทธ์ที่ 1 : พัฒนาความเข้มแข็งด้านการเงินการบัญชีแก่สหกรณ์และสถาบันเกษตรกร
1. สร้างจิตสำนึกในการเป็นผู้บริหารสหกรณ์ที่ดีแก่คณะกรรมการสหกรณ์
2. พัฒนาสมรรถนะฝ่ายบริหารสหกรณ์ให้สามารถใช้ข้อมูลการเงินการบัญชี เพื่อบริหารสหกรณ์อย่างมืออาชีพ
3. พัฒนาผู้บริหารสหกรณ์ให้มีความสามารถในการกำกับและติดตามการปฏิบัติงาน ของฝ่ายจัดการ
4. ผลักดันให้สหกรณ์ใช้ประโยชน์จากรายงานการตรวจสอบบัญชีและรายงาน การตรวจสอบกิจการ

กลยุทธ์ที่ 2 : ส่งเสริมและพัฒนาศักยภาพการจัดทำบัญชีเกษตรกร
1. สร้างความตระหนักรู้ประโยชน์การจัดทำบัญชีแก่เกษตรกร
2. เสริมสร้างวินัยทางการเงินภาคครัวเรือน
3. ปรับเปลี่ยนการประกอบอาชีพโดยใช้ข้อมูลทางบัญชี
4. ส่งเสริมการจัดทำบัญชีแก่กลุ่มเป้าหมายตามโครงการอันเนื่องมาจากพระราชดำริ
5.. ส่งเสริมการพัฒนาเครือข่ายด้านบัญชี

กลยุทธ์ที่ 3 : พัฒนาระบบการบริหารจัดการสู่องค์กรดิจิทัล
1. ปรับปรุงโครงสร้างและระบบการบริหารจัดการองค์กรให้ตอบสนองต่อการเปลี่ยนแปลงของสหกรณ์ และสถาบันเกษตรกร
2. บริหารจัดการทรัพยากรบุคคลและสร้างแรงจูงใจเพื่อรองรับวิกฤติกำลังคน
3. พัฒนาเทคโนโลยีดิจิทัลและเสริมสร้างสมรรถนะผู้สอบบัญชี เพื่อการสอบบัญชีแบบมืออาชีพ
4. ส่งเสริมและสนับสนุนการวิจัยและพัฒนา
5. สร้างภาคีเครือข่ายและการมีส่วนร่วมของทุกภาคส่วน
6. สนับสนุนการจัดทำแผนบริหารความต่อเนื่อง เพื่อเตรียมความพร้อมต่อสภาวะวิกฤต

ยุทธศาสตร์